報告提出要“加強農業面源污染防治”，為農業面源污染防治工作提供了根本遵循。貫徹落實這一精神，必須把農業面源污染防治作為一項系統性工程來抓，著眼新時代，立足新要求，拿出新舉措，取得新成效。當前，應結合農業面源污染分布廣、濃度低、形成機理復雜、多數可降解可利用等特征，運用系統學的方法，從源頭控制、循環利用的角度出發，從產業布局、農耕技術推廣、防治設施建設等入手，推進農業面源污染防治工作取得新進展。
要把農業面源污染防治作為農業可持續發展的工程來抓。要實現農業的可持續發展，良好的資源生態環境是基礎，必須著眼于農業生態環境承載能力，遵循自然生態規律，合理開發利用農業資源。當前，全國正在深入推進扶貧，多數深度貧困村的生態環境較脆弱、基礎設施落后，在實施產業扶貧時，應尤其重視當地環境承載能力，做好相關產業的布局規劃，防止再走先污染后治理的老路。
要把農業面源污染防治作為保護長江經濟帶生態環境的工程來抓。以共抓大保護、不搞大開發為導向推動長江經濟帶發展。重慶市地處三峽庫區腹心地帶，是長江上游重要的生態屏障，也是全國生態環境zui脆弱的地區之一。三峽庫區人均耕地面積少，土地利用強度大，化肥農藥施用量也較大，山地多，水網密集，水土流失嚴重，容易造成農業面源污染。抓好農業面源污染防治不僅關系農業農村發展和農產品質量安全，更關系到長江流域生態屏障建設和生態安全，事關國家戰略發展全局。因此，必須把農業面源污染防治納入長江生態環境保護的重要內容，共抓大保護，不搞大開發，守住一江碧水、兩岸青山。必須把防治農業面源污染對長江水體的影響作為主攻方向，突出“防”和“用”兩個重點。“防”，重點在于加強農業投入品的管控，充分應用農業清潔生產技術、綠色防控技術等綜合農耕措施，從源頭控制農業投入品對環境的影響；“用”，重點推廣農業廢棄物資源化利用技術，對于可降解的農業廢棄物，就地轉化為有機肥還田，作為培育和改善土壤有機質原料，實現資源循環利用。
要把農業面源污染防治作為加快建設農業農村生態文明的工程來抓。加強農業面源污染防治，與建設生態宜居鄉村和提供安全農產品息息相關，是重要抓手和助推劑。因此，一方面，農業面源污染防治要與改善農村人居環境同步進行。當前，要從農村環保設施投入少、設施不完善、收運處理系統不健全等導致農村臟亂差的主要短板入手，加強農業投入品管理、科學指導農業生產者合理使用；加強農村白色垃圾收集處理，推動城鎮垃圾收運系統向農村延伸，盡快形成農村垃圾“戶分類-村收集-鎮運輸-縣處理”的收回體系；按照“誰生產、誰銷售、誰回收”的原則，落實農藥等有毒有害物品包裝瓶(袋)回收的主體責任；啟動農村垃圾分類試點，對有機廢棄物實現就近就地資源化利用，對無機垃圾進行統一回收處理，切實推動農村環境綜合治理，改善老百姓生產生活環境；要加快完善農村環保設施建設，補足短板，縮小城鄉差距，建立農村環保長效機制，確保建成的設施持續運行，長期發揮作用，從根本上解決農村環境問題。
另一方面，要創造生態農產品的良好生產環境。要以新時代社會主要矛盾為，下大力氣抓好農業面源污染防治，同時結合農業農村實際實施大氣污染防治、水污染防治、土壤污染管控和修復，切實提升農產品生產環境，保障人民群眾餐桌安全，維護農民切身利益。